O Jardim Temático tem uma forte componente pedagógica, enquadrando vários temas botânicos de forma a promover as espécies endémicas do Arquipélago da Madeira. Os visitantes poderão ver e identificar várias espécies de plantas desta ilha, desde as exóticas que provêm de outros continentes, às espécies endémicas, incluindo representantes da Laurissilva.

Para além da flora madeirense, com 25 espécies endémicas presentes, há também espaço para as plantas do Mundo, dispostas em diferentes secções do jardim e que ilustram as plantas associadas a cada continente. São no total cerca de 800 espécies distribuidas da seguinte forma: